Den_04_088

RECAMO

Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie je zaměřeno na oblast nádorové biologie. Tvoří jej multidisciplinární tým českých a zahraničních výzkumných pracovníků a lékařských specialistů pracujících v rámci nově vytvořeného pracoviště.

„Research is meeting the unmet needs of our patients.“

doc. MUDr. Tomáš Kazda, Ph.D.

RECAMO je vybavené nejmodernějšími technologiemi pro výzkum nových biomarkerů nádorů (indikátorů biologického stavu), významných pro diagnózu a prognózu, monitorování a léčbu nádorových onemocnění. Klade si za cíl uplatnit výsledky základního výzkumu definovaných oblastí nádorové biologie v klinické praxi, a tím zkvalitnit péči o pacienta zavedením nových terapeutických přístupů. Věnuje se širokému rozmezí aktivit výzkumu v oblastech nádorové biologie a patologie, regulace buněčné proliferace, příčiny vzniku a vývoje nádorového onemocnění či buněčné odpovědi na vnější poškození. Centrum také vytváří podmínky pro provádění preklinických zkoušek a klinických hodnocení fáze I a zefektivňuje využití znalostí získaných v aplikovaném výzkumu transferem poznatků do komerční sféry.

1Kontakty

Náměstek pro vědu a výzkum

doc. MUDr. Tomáš Kazda, Ph.D.

Vědecký ředitel RECAMO

RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.
Odborné výzkumné semináře

2Špičkové centrum pro výzkum nádorových onemocnění

V RECAMO působí od roku 2020 sedm pracovních skupin, které se dlouhodobě zabývají výzkumem v rámci specifických oblastí nádorové biologie. RECAMO sídlí v Morávkově pavilonu a laboratoře každého patra reflektují specifické požadavky zaměření výzkumné činnosti.

Centrum je vybaveno přístroji pro vysoce propustné (tzv. „high-throughput“) metody analýzy genomu a proteomu i pro přesné analytické měření a morfologické studie. Klíčové přístroje a technické vybavení centra fungují na bázi tzv. „core facility“, tj. centralizovaných sdílených zdrojů obsluhovaných specializovanými pracovníky.
Jedná se o jednotky:

  • hmotnostní spektrometrie,
  • analýzy nukleových kyselin,
  • produkce a purifikace proteinů,
  • histologie a mikroskopie,
  • průtokové cytometrie,
  • tkáňové kultury.

3Projekty

MŠMT, program EXCELES; reg. č.: LX22NPO5102; 2022-2025

Národní ústav pro výzkum rakoviny (NÚVR)

Spoluřešitel: MUDr. Petr Müller, Ph.D.

 

MŠMT, program INTER-EXCELLENCE II; reg. č. LUC23033; 09/2023-09/2025

Účinky záření a hypoxie na buňky rakoviny hlavy a krku: vliv na heterogenitu neutrofilů

Spoluřešitel: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.

 

MŠMT, OP JAK; reg. č. CZ.02.01.01/00/22_008/0004644; 2024-2028

Záchrana životů prostřednictvím výzkumu v oblasti včasné detekce a prevence rakoviny: Molekulární, genomické a sociální faktory (SALVAGE)

Řešitel: prof. MUDr. Marek Svoboda, Ph.D.

 

Horizon Europe (HORIZON-MSCA-2022-DN-01); grant agreement no. 101119464; 01/2024–01/2028

Preventing Therapy Resistance in Esophageal Cancer Using Advanced Models and Molecular Signatures (PRESSURE)

Spoluřešitel: doc. MUDr. Radka Lordick Obermannová, Ph.D.

 

Horizon Europe (HORIZON-INFRA-2021-SERV-01-01); grant agreement no. 101058620; 2022-2025

Providing cutting edge cancer research services across Europe (canSERV)

Spoluřešitel: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.

 

AZV ČR; NU21-08-00078; 2021-2024

Elektrochemický biosenzor pro analýzu bodových mutací v DNA u kolorektálního karcinomu

Řešitel: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D.

 

AZV ČR; NU21-09-00031; 2021-2024

Vývoj nové efektivní strategie umožňující identifikaci žen se zvýšeným rizikem vzniku karcinomu endometria

Řešitel: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.

 

AZV ČR; NU21-08-00057; 2021-2024

Elektrodový biočip pro detekci lidských papilomavirů u prekanceróz děložního hrdla

Spoluřešitel: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D.

 

AZV ČR; NU22-08-00230; 2022-2025

Proteogenomová klasifikace trojitě negativních nádorů prsu ve vztahu k prognóze a cílené terapii

Spoluřešitel: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.

 

AZV ČR; NU21-03-00539; 2021-2024

Vliv stresu endoplazmatického retikula na imunitní stav nádorů a účinnost imunoterapie při léčbě ovariálního a renálního karcinomu

Řešitel: prof. MUDr. Marek Svoboda, Ph.D.

 

AZV ČR; NU23J-08-00006; 2023-2026

Nové metody in vitro detekce lidského cytomegaloviru u onkologických pacientů

Řešitel: Mgr. Ludmila Moráňová, Ph.D.

 

GA ČR; 22-09853S; 2022-2024

Analýza vzniku nových proteinových funkcí v rámci rodiny halogenalkan dehalogenas

Spoluřešitel: Prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D

 

GA ČR; 22-17102S; 2022-2024

Mechanismy udržování proteinové homeostázy v nádorech

Řešitel: MUDr. Petr Müller, Ph.D.

 

GA ČR; 22-02940S; 2022-2024

Regulace signální dráhy IFN-γ pomocí inhibitorů HSP90

Řešitel: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.

 

GA ČR; 23-05951S; 2023-2025

Mechanismy a účinky inverzní regulace TAp63 a ΔNp63

Řešitel: Philip John Coates, Ph.D.

 

GA ČR; 23-06884S; 2023-2025

Charakterizace ribozomu překládajícího pre-spliced mRNA pro syntézu antigenních peptidových substrátů pro dráhu MHC-I

Řešitel: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.

Den_04_040

4Výzkumné skupiny

Výzkumná skupina Bořivoje Vojtěška

Kontrolní body imunitní reakce jsou považovány za efektivní cíle v terapii nádorů. Zejména blokádou PD-L1 založenou na použití protilátek dochází k obnovení účinnosti imunitních mechanismů a ke zvýšení protinádorové aktivity. I přes úspěchy této terapie mnoho pacientů vykazuje minimální odezvu nebo vznik rezistence. Klíčovým molekulárním chaperonem, který stabilizuje řadu mutantních proteinů v nádorových buňkách a tím napomáhá překonávat stres vzniklý genetickou nestabilitou, je HSP90. Jeho klientními proteiny jsou různé receptory a/nebo signální proteiny, z nichž řada patří také mezi cíle protinádorové terapie. V našem výzkumu se zaměřujeme na inhibitory HSP90 (HSP90i), které modifikují hladiny signálních proteinů, a tím ovlivňují citlivost nádorových buněk na imunitní ataku. Mechanismy aktivace imunitní odpovědi pomocí HSP90i studujeme na více úrovních s cílem získat celkový pohled na možnosti využití HSP90i v kombinaci s imunoterapeutickými přístupy.

V rámci našeho výzkumu se rovněž zaměřujeme na pochopení klíčových mechanismů vedoucích k inaktivaci nádorového supresorového proteinu p53 v jeho nemutované formě (wt p53). p53 je mutován u 50 % zhoubných nádorů a u druhé poloviny nádorů je zachován wt p53, jehož funkce je inaktivovaná jiným mechanismem. K určení dalších možných způsobů inaktivace p53 využíváme screeningové metody, jako jsou CRISPR-Cas9 aktivační/deleční knihovny. Funkci p53 jako transkripčního faktoru studujeme pomocí chromatinové imunoprecipitace s následným sekvenováním nové generace. Modulace schopnosti p53 specificky se vázat na cílové geny může vést k nesprávnému buněčnému chování a našim cílem je pochopit, jak lze regulovat tuto specifickou vazbu. Studujeme rovněž HDM2 a HDMX jako hlavní negativní regulátory proteinu p53 a studiem jejich protein-protein a protein-RNA interakcí se snažíme porozumět složité regulační smyčce, ve které oba proteiny mohou přecházet z negativních na pozitivní regulátory. Objasnění otázek týkajících se inaktivace p53 může v budoucnu vést k lepší cílené terapii založené na reaktivaci p53 v monoterapii nebo kombinované léčbě.

V naší laboratoři se rovněž věnujeme vývoji nových terapeutických přístupů pro léčbu rakoviny a prostřednictvím pokročilých molekulárně-biologických metod získáváme poznatky o mechanismu působení experimentálních léčiv. Podílíme se na preklinickém testování nových nízkomolekulárních inhibitorů a terapeutických protilátek pro cílenou terapii. Současně se zabýváme studiem signálních drah klíčových pro odpověď nádorových buněk na terapii a jejich deregulacemi v různých typech nádorů, protože znalost těchto buněčných procesů je klíčová pro správnou volbu terapie a její úspěch.

Vědecký ředitel RECAMO

RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.

Výzkumná skupina Romana Hrstky 

Náš výzkumný tým se zabývá identifikací a validací nových nádorových biomarkerů, které se mohou vyskytovat v různých formách např. jako proteiny, DNA nebo RNA a v optimálním případě jsou specifické pro určitý typ nádorového onemocnění, současně se však nevyskytují v normální tkáni nebo u zdravých jedinců.

Vzhledem ke svému využití mohou být nádorové biomarkery klasifikovány jako: i) diagnostické – umožňují detekovat přítomnost rakoviny u pacientů; ii) prediktivní – předvídají odpověď na léčbu; iii) prognostické – informují ohledně rizika onemocnění, resp. jaký lze očekávat průběh onemocnění a iv) potenciální terapeutické cíle. Naším cílem je identifikovat, evaluovat a uvést do klinické praxe specifické nádorové biomarkery umožňující zefektivnění stávajících diagnostických metod, monitorování minimální reziduální choroby, detekci přítomných metastáz či predikci rizika jejich vzniku a jejich využití jako terapeutických cílů. Kromě toho, že využíváme nejmodernější techniky analýzy těchto biomarkerů, vyvíjíme i vlastní metodické přístupy a technologie pro jejich detekci, zejména elektrochemické DNA a RNA biosenzory, které představují jednoduchou, rychlou a levnou alternativu k stávajícím metodám.

Vedoucí výzkumné skupiny

doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.

Výzkumná skupina Philipa Coatese

Výzkumná skupina se zaměřuje na dvě příbuzné oblasti nádorové biologie; na úlohu proteinu p63 v karcinogenezi, progresi a rezistenci k protinádorové léčbě a na molekulární biologii nádorových kmenových buněk. p63 je členem rodiny nádorového supresoru p53, která kromě p53 zahrnuje i méně známé členy p63 a p73.

Protein p63 je přítomen ve vysokých hladinách například u spinocelulárních karcinomů a některých typů nádorů prsu a pojí se s rychlou progresí a vysokou agresivitou onemocnění. Vysoké hladiny p63 jsou také spojovány s rezistencí k protinádorové terapii a rychlou tvorbou metastáz. Dlouhodobě se zabýváme mechanismy, které se uplatňují v regulaci tohoto proteinu a které by bylo možné v budoucnosti využít v léčbě malignit vykazujících zvýšenou expresi tohoto proteinu. Zjistili jsme, že některá léčiva používaná v běžných indikacích vyznačující se poměrně vysokým bezpečnostním profilem (např. antihypolipidemika - statiny, antimykotika aj.) také významně zasahují do signálních drah ovlivňujících expresi p63 a jeví se tedy jako nadějné látky v cílené protinádorové terapii. Dalším výzkumným záměrem je identifikace proteinů, které interagují s proteinem p63 (i s p53 a p73) a regulují jeho aktivitu. Naše výsledky mimo jiné ukazují, že protein p63 hraje důležitou úlohu i u jiných typů nádorů (menší procento nádorů prostaty je také p63 pozitivní), kde může regulovat nádorové kmenové buňky. 

Nádorové kmenové buňky jsou jedinečnou subpopulací maligních buněk, jsou zodpovědné za celkový růst nádoru včetně jeho šíření a jsou relativně rezistentní vůči běžné terapii, radioterapii či chemoterapii. Existence takových subpopulací byla již mnohokrát prokázána pomocí různých biologických ukazatelů. Dostupné výsledky ale ukázaly, že každý takový ukazatel identifikuje jinou populaci buněk a nádorové kmenové buňky tedy nejsou jednou konkrétní populací, jak se původně předpokládalo, ale mohou změnit své vlastnosti podle situace, ve které se nacházejí. Naším cílem je identifikovat specifické vlastnosti, které přesně definují tuto populaci u většiny nebo dokonce u všech typů nádorů. Zajímá nás také, zda mají nádorové kmenové buňky rozdílný metabolismus oproti ostatním nádorovým buňkám, konkrétně hledáme rozdíly v produkci bílkovin a ve využití glukózy k výrobě energie. Identifikace obecných rozdílů mezi nádorovými kmenovými buňkami a zbylými nádorovými buňkami by nám pomohla jak při studiu těchto specifických buněk, tak při navrhování protinádorových léčiv, které by selektivně působily na tyto buňky.

Vedoucí výzkumné skupiny

Philip John Coates, Ph.D.

Výzkumná skupina Lenky Hernychové

Cílem klinické proteomiky je získávat detailní informace o kvalitativních i kvantitativních změnách proteinů ve studovaných proteomech a o jejich souvislostech s fyziologickými i patologickými změnami. Tyto znalosti lze využít k identifikaci markerů, které mohou umožnit časnou diagnostiku nebo predikovat odpověď nádorového onemocnění na terapii.

Činnost výzkumné skupiny je založena na vlastním výzkumu nebo ve spolupráci s klinickými pracovníky a tuzemskými či zahraničními vědeckými institucemi a dále poskytuje servisní analýzy a smluvní výzkum. Provádíme proteomické analýzy vzorků souvisejících s nádorovým onemocněním a stárnutím, především pak detekci glykosylací a glykoproteinů přítomných v sérech a tkáních pacientů se solidními nádory. Dále se zabýváme mapováním tyrozin kinázové aktivity v nádorech a provádíme strukturní proteomické analýzy zaměřené na měření interakcí protein-ligand pomocí metody využívající výměnu vodíku za deuterium.

Vedoucí výzkumné skupiny

prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.

Výzkumná skupina Petra Müllera

Zvýšené nároky na udržování proteinové homeostázy jsou jedním ze základních rysů nádorové buňky. Nestabilita genomu, vysoká frekvence mutací a zvýšená proteosyntéza vedou k aktivaci stresové signalizace a zvýšené produkci a aktivaci chaperonů, na nichž se nádorové buňky stávají závislé. Nádory tedy vykazují zvýšenou expresi stresem indukovaných chaperonů, představovaných zejména proteiny Hsp70 a Hsp90.

Vedle změn v genové expresi jsou proonkogenní vlastnosti chaperonů podmíněny uspořádáním do multimerních chaperonových komplexů. Jedním z našich cílů je proto objasnit proonkogenní chování chaperonů. Náš projekt je zaměřen na analýzu posttranslačních modifikací chaperonů v nádorech, jejich vzájemné interakce a vliv na nestabilní onkoproteiny. Dalším oblastí našeho výzkumu je stresová signalizace. Aktivace stresové odpovědi je klíčovou vlastností nádorových buněk, která umožňuje zvýšenou proteosyntézu, kompenzuje genomovou nestabilitu a chrání před stresem vyvolaným terapií. HSF1 (Heat Shock Factor 1) je hlavním transkripčním faktorem odpovědi na stres, jehož aktivita je u nádorů výrazně zvýšena. Proteotoxický stres aktivuje HSF1 konformačními změnami, které vedou k sestavení HSF1 do trimerů, které se vážou na DNA a řídí genovou expresi při odpovědi na stres. Ačkoli je funkce HSF1 jako transkripčního faktoru známa, mechanismy vedoucí k aktivaci HSF1 a zvýšené stresové odpovědi v nádorech zůstávají nejasné. Cílem výzkumu v této oblasti je popsat mechanismy, které nádorová buňka využívá pro udržování proteinové homeostázy. Cílem výzkumného projektu zaměřeného na HSF1 je odhalit mechanismy vedoucí k jeho aktivaci. Pomocí strukturní proteomiky popisujeme konformační změny, které jsou zodpovědné za jeho aktivaci. Analýzou genové exprese studujeme význam HSF1 regulovaných genů pro nádorovou transformaci.

Vedoucí výzkumné skupiny

MUDr. Petr Müller, Ph.D.
Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO)

Výzkumný pracovník

Mgr. Miroslav Bardelčík
Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO)

Výzkumný pracovník

Mgr. Oliver Šimončík
Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO)

Ph.D. student

Ing. Kristína Bednárová

Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO)

Podpůrný pracovník

Kateřina Křivánková
Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO)

Ph.D. student

Zuzanna Aleksandra Trybala, MSc.
Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO)

Mgr. student

Bc. Otakar Fišer

Výzkumná skupina Bioinformatika

Výzkumná skupina bioinformatika je zaměřena vysoce specializované analýzy bioinformatického a statistického charakteru pro jednotlivá oddělení MOU, ostatní výzkumné skupiny a externí spolupracovníky MOU. Oddělení se rovněž zabývá molekulovým modelováním a molekulovou dynamikou proteinů a vývojem statistických a analytických softwarů.

Vedoucí výzkumné skupiny

Mgr. Bc. Filip Zavadil Kokáš, Ph.D.

Výzkumná skupina Tomáše Kazdy

Buněčná imunita hraje klíčovou roli v eradikaci nádorů, ovšem nádorové buňky mohou imunitnímu systému uniknout v procesu tzv. imunoeditace. Naproti tomu imunoterapie představuje strategie, jak opět aktivovat a zefektivnit schopnost imunitního systému rozpoznat a zlikvidovat nádorové buňky. Imunoterapie proto představuje velmi dynamickou a slibnou metodu protinádorové léčby u mnoha typů nádorů.

K vlastní interakci imunitních a nádorových buněk dochází v nádorovém mikroprostředí, které zahrnuje všechny buňky i nebuněčné složky nádorové tkáně a jejího bezprostředního okolí. Pro nádorové mikroprostředí je specifické nízké pH, hypoxie či nízká hladina živin, což jsou faktory vyvolávající buněčný stres včetně tzv. „stresu endoplazmatického retikula (ER)“. Lze tedy předpokládat, že stres ER může hrát důležitou roli jak v procesu imunoeditace nádoru, tak v reakci na imunoterapii.

Proto je naším cílem studium vlivu stresu ER na imunitní stav nádoru, imunoeditaci a v neposlední řadě také na efektivitu imunoterapie u renálního a ovariálního karcinomu. 

Vedoucí výzkumné skupiny

doc. MUDr. Tomáš Kazda, Ph.D.

Výzkumná skupina Martina Bartošíka

Výzkumná skupina se zabývá vývojem nových biomedicínských in vitro technologií pro analýzu nádorových biomarkerů na úrovni nukleových kyselin. Využívá zejména izotermální amplifikační techniky jako alternativy ke konvenční PCR v kombinaci s elektrochemickými nebo elektrochemiluminescenčními detekčními metodami, které jsou díky své rychlosti a přístrojové nenáročnosti vhodnými kandidáty pro personalizovanou decentralizovanou medicínu v místě péče o pacienta (z angl. point of care).

Nádorové biomarkery jsou signální molekuly, které mohou s určitou přesností odhalit přítomnost nádorového onemocnění, např. ze vzorku krve. Takové stanovení může částečně nahradit nákladné zobrazovací metody, které často nejsou plošně dostupné. Pomáhají rovněž nastavit správnou léčbu či monitorovat odezvu na zvolenou terapii.

V naší skupině se zaměřujeme například na:
(1) detekci onkovirových infekcí, zejména infekci lidským papilomavirem (HPV), která může vést ke vzniku karcinomu děložního hrdla u žen, nebo na infekci lidským cytomegalovirem (hCMV), a to stanovením sekvencí virových DNA nebo RNA;
(2) analýzu bodových mutací v nádorových supresorových genech nebo onkogenech, které hrají klíčovou roli nejenom při vzniku a progresi nádorových onemocnění, ale i v predikci odpovědi na léčbu (např. mutace BRAF u melanomu, mutace KRAS u nádorů tlustého střeva);
(3) analýzu epigenetických modifikací (např. metylace DNA/RNA) nebo detekci krátkých i dlouhých nekódujících RNA, které hrají důležitou roli v regulaci genové exprese.

Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO)

Vedoucí výzkumné skupiny

Mgr. Martin Bartošík, Ph.D.

5Studium

  • Nina Libová (MU PřF) – téma BP: Modifikace povrchů elektrodových biočipů pro analýzu nukleových kyselin jakožto nádorových biomarkerů. – školitel BP:Mgr. Martin Bartošík, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Romana Kubicová (MU PřF) – téma BP: Analýza protinádorového účinku křemíkových nanočástic funkcionalizovaných titanocenem a jeho deriváty. – školitel BP: Mgr. et Mgr. Petr Voňka, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Lucia Šutvajová (PřF MU) – téma BP: Analýza protinádorového účinku acylovaných fluorovaných analog manosaminů. – školitel BP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Denisa Kučová (MU PřF) – téma BP: Vliv stresu endoplazmatického retikula na imunitní dohled a imunoterapii u ovariálního karcinomu. – školitel BP: Mgr. Kateřina Vašíčková, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Alica Záchejová (MU PřF) – téma BP: In vivo model vlivu stresu endoplazmatického retikula na imunitní dohled v léčbě ovariálního karcinomu. – školitel BP: Mgr. Lukáš Moráň, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Marie Kundratová (MU PřF) – téma BP: In vivo model vlivu stresu endoplazmatického retikula na imunitní dohled v léčbě renálního karcinomu. – školitel BP: Mgr. Lukáš Moráň, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Ema Jochmanová (PřF MU) - téma BP: Význam a uplatnění biobankování v biomedicínském výzkumu. – školitel BP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2023)
  • Jana Kopečná (PřF MU) - téma BP: Vliv stresu endoplazmatického retikula na imunoterapii pomocí checkpoint inhibitorů u renálního karcinomu. - školitel BP: Mgr. Kateřina Vašíčková, Ph.D (obhájeno 2022)
  • Kateřina Ondrášková (PřF MU) – téma BP: Monitorování minimální reziduální choroby u pacientů s karcinomem pankreatu. – školitel BP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2021)
  • Klára Mrázová (PřF MU) – téma BP: Screening karcinomu pankreatu u osob se zvýšeným rizikem. – školitel BP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2022)
  • Kamila Dostálová (PřF MU) – téma BP: Analýza protinádorového účinku organokovových komplexů s NSA. – školitel BP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2022)
  • Jitka Švandová (PřF MU) – téma BP: Identifikace molekulárních změn, použitelných jako prediktorů prekancerózy a časného stádia karcinomu endometria. - školitel BP: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2022)
  • Petra Mikušová (PřF MU) – téma BP: Detekce AGR proteinů v extracelulárním prostředí nádorů. – školitel BP: Mgr. Veronika Brychtová, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Andrea Martišová (PřF MU) – téma BP: Úloha transgelinu v nádorových buňkách. – školitel BP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Daniel Nesrsta (PřF MU) – téma BP: Organokovové sloučeniny při léčbě nádorových onemocnění. – školitel BP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Olga Breznická (LF MU) - téma BP: Léčebné výsledky radioterapie u karcinomu prostaty. - školitel BP: MUDr. Pavel Krupa (obhájeno 2017)
  • Pavel Kubín (LF MU) - téma BP: Chronická toxicita po radioterapii u karcinomu prostaty. - školitel BP: MUDr. Pavel Krupa (obhájeno 2017)
  • Lucia Janáčová (PřF MU) - téma BP: Mechanismy rezistence vůči endokrinní terapii u nádorů prsu. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Matej Hropko (PřF MU) - téma BP: Význam genomiky, transkriptomiky a proteomiky pro určení molekulárních podskupin meduloblastomu. - školitel BP: Mgr. Marta Nekulová, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Ondřej Vacek (PřF MU) - téma BP: Odpověď nádorové buňky na proteotoxický stres. - školitel BP: Mgr. Michal Pastorek, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Lucie Bienová (LF MU) - téma BP: Verifikace platnosti modelů akutní toxicity pro močový měchýř a konečník u radioterapie karcinomu prostaty technikou Rapid Arc. - školitel BP: MUDr. Pavel Krupa. (obhájeno 2015)
  • Kateřina Bustová (LF MU) - téma BP: Verifikace platnosti modelů akutní toxicity pro močový měchýř a konečník u radioterapie karcinomu prostaty technikou 3D CRT. - školitel BP: MUDr. Pavel Krupa. (obhájeno 2015)
  • Barbora Šustáčková (LF MU) - téma BP: Verifikace platnosti modelů akutní toxicity pro močový měchýř a konečník u radioterapie karcinomu prostaty technikou IMRT. - školitel BP: MUDr. Pavel Krupa. (obhájeno 2015)
  • Eliška Stuchlíková (PřF MU) - téma BP: Optimalizace růstu buněčné linie odvozené od nádoru vaječníku rezistentní na cisplatinu. - školitel BP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Oliver Šimončík (PřF MU) - téma BP: Vztah proteinové homeostáze a aktivace transkripčních faktorů HSF. - školitel BP: MUDr. Petr Muller Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Alena Kopková (PřF MU) - téma BP: Úloha proteinu p53/47 při stresu endoplazmatického retikula. - školitel BP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Sabina Oweisová (PřF MU) - téma BP: Aplikace elektroanalytických metod v molekulární onkologii. - školitel BP: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Petr Lapčík (PřF MU) - téma BP: Metoda SWATH-MS a její využití v proteomické analýze nádorů prsu. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Pavlína Mrhálková (PřF MU) - téma BP: Vliv izoforem p63 na chemosensitivitu nádorových buněk. - školitel BP: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Václav Hrabal (PřF MU) - téma BP: Úloha proteinu p63 při vzniku a vývoji nádorového onemocnění. - školitel BP: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Karolína Zoufalová (PřF MU) - téma BP: Signální dráhy v metastazování nádorů prsu a jejich studium s využitím cílené proteomiky. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2014) 
  • Anna Odehnalová (PřF MU) - téma BP: Mechanismy zodpovědné za rezistenci k tamoxifenu a biomarkery s nimi spojené. - školitel BP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Kateřina Ceralová (PřF MU) - téma BP: Vliv hormonů v etiopatogenezi nádorů, úloha androgenního receptoru v signalizaci proteinu Anterior gradient 2 u karcinomu prsu. - školitel BP: Mgr. Veronika Brychtová (obhájeno 2014)
  • Helena Ďuríková (PřF MU) - téma BP: Detekce a identifikace malých nekódujících RNA v lidských tělních tekutinách. - školitel BP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2014) 
  • Markéta Stejskalová (PřF MU) - téma BP: Přispívá exprese proteinu p63 ke vzniku rakovinné kmenové buňky? - školitel BP: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Vendula Šromová (MU PřF) - téma BP: AlphaB-crystallin a jeho vztah k nádorovému onemocnění. - školitel BP: RNDr, Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2014)
  • Monika Diblíková (MU PřF) - téma BP: Úloha proteinu CD105 v rozvoji nádorových onemocnění. - školitel: Mgr. Petr Beneš, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Petra Kovaříková (PřF MU) - téma BP: Proteázy extracelulární matrix: Funkce a metody studia. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Zuzana Bábovská (PřF MU) - téma BP: Proteiny rodiny thymosinů a jejich úloha v tumorigenezi. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Michal Řiháček (PřF MU) - téma BP: Imunochemická a mikrobiologická metoda stanovení plazmatických a erytrocytárních folátů a vliv přítomnosti antifolátových terapeutik. - školitel BP: doc. MUDr. Dalibor Valík, Ph.D. (obhájeno 2012)
  • Josef Maryáš (PřF MU) - téma BP: Úloha proteinů regulační dráhy NFkappaB v procesu metastázování nádorů. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2012)
  • Jiřina Čípková (PřF MU) - téma BP: Autofagie a charakterizace epitopů anti-ATG4A protilátek pomocí „phage display“. - školitel BP: Mgr. Pavla Bouchalová, Ph.D. (obhájeno 2012)
  • Lucia Sommerová (PřF MU) - téma BP: Úloha proteinu AGR2 v procesu maligní přeměny buňky. - školitel BP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2012)
  • Lenka Příhodová (PřF MU) - téma BP: Úloha zánětu při vzniku nádorových onemocnění. - školitel BP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2012)
  • Květa Pilařová (PřF MU) - téma BP: Protein p53/47 a jeho úloha v nádorech. - školitel BP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2011)
  • Iveta Hynštová (PřF MU) - téma BP: Charakterizace rodina anterior gradient proteinů, analýza exprese proteinu AGR3 ve zdravých tkáních. - školitel BP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2011)
  • Jana Nováková (PřF MU) - téma BP: Rodina proteinů 14-3-3: Dvojsečná zbraň v nádorové biologii. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2011)
  • Vendula Pernikářová (PřF MU) - téma BP: Vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie s využitím technologie Orbitrap: Nové šance pro proteomiku. - školitel BP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2011)
  • Bc. Kristýna Křišťanová (PřF MU) – téma DP: Analýza exozomů u pacientek s gynekologickými malignitami. – školitel DP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.
  • Bc. Natálie Kučerová (LF MU) – téma DP: Nádorové mikroprostředí, imunitní dozor a karcinogeneze. – školitel DP: Mgr. Barbora Vavrušáková 
  • Bc. Marie Kundratová (PřF MU) – téma DP: Prevence toxicit imunoterapie a predikce odpovědi pacientů s triple-negativním karcinomem prsu pomocí imunitního profilování a MS fingerprintingu. 
  • Bc. Alica Záchejová (PřF MU) – téma DP: Úloha TUSC3 v imunitním dohledu a karcinogenezi - potenciální význam pro imunoterapii.
  • Bc. Eliška Černá (VUT FEKT) – téma DP: Bioinformatická analýza diferenciální exprese u vybraných biologických vzorků. – školitel DP: Mgr. Bc. Filip Zavadil Kokáš, Ph.D.
  • Bc. Kateřina Magerová (MU PřF) – téma DP: Využití izotermálních amplifikačních technik nukleových kyselin ve vývoji elektrochemických testů pro diagnostiku nádorů. – školitel DP: Mgr. Ludmila Moráňová, Ph.D.
  • Bc. Klára Mrázová (PřF MU) – téma DP: Bioanalýzy exozomů. – školitel DP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Bc. Ema Jochmanová (PřF MU) – téma DP: Analýza kvality biologického materiálu uloženého v Bance biologického materiálu MOÚ. – školitel DP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.
  • Bc. Lenka Krejčí (PřF MU) - téma DP: Role stresu endoplazmatického retikula v imunoeditaci u HER2+ karcinomu prsu. – školitel DP: Mgr. Lukáš Moráň, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Bc. Jitka Švandová (PřF MU) – téma DP: Příprava a testování efektivních buněčných modelových systémů pro studium úlohy AGR2 u vybraných lidských malignit. – školitel DP: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Bc. Kateřina Ondrášková (PřF MU) – téma DP: Hybridní elektrochemicky aktivní organokovové sloučeniny vykazující protinádorové účinky. – školitel DP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2023)
  • Bc. Kristýna Bednárová (FaCh VUT) – téma DP: Využití Hsp90 jako cíle biologické terapie nádorů. - školitel DP: MUDr. Petr Müller, Ph.D. (obhájeno 2022)
  • Bc. Daniel Nesrsta (PřF MU) – téma DP: Identifikace a evaluace potenciálních prognostických biomarkerů karcinomu endometria. – školitel DP: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2021)
  • Bc. Andrea Martišová (PřF MU) – téma DP: Analýza významu epigenetická regulace exprese AGR2 ve vztahu ke tvorbě metastáz u kolorektálního karcinomu. – školitel DP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2020)
  • Bc. Iveta Klemešová (PřF MU) – téma DP: Identifikace determinant metastatického onemocnění u kolorektálního karcinomu. – školitel DP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2020)
  • Bc. Michaela Sládková (PřF MU) - téma DP: Monoklonální B-lymfocytóza. - školitel: Mgr. Kateřina Pilátová, Ph.D. (obhájeno 2019)
  • Bc. Václav Hrabal (PřF MU) – téma DP: Identifikace proteinů rodiny p53 a jejich komplexů v nádorových buňkách a v tkáni. - školitel DP: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Bc. Ondřej Vacek (PřF MU) - téma DP: Úloha extracelulárne lokalizovaného chaperonu Hsp90 u nádorových buněk. - školitel DP: Mgr. Michal Pastorek, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Bc. Oliver Šimončík (PřF MU) – téma DP: Regulace stresové odpovědi v nádorových buňkách. - školitel DP: MUDr. Petr Müller, Ph.D. (obhájeno 2017)
  • Bc. Eliška Stuchlíková (PřF MU) – téma DP: Profilování glykanových struktur izolovaných z buněčných linií odvozených od nádorů vaječníku. - školitel DP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2017)
  • Bc. Lukáš Uhrík (PřF MU) – téma DP: Produkce rekombinantních enzymů a jejich využití při studiu strukturních změn proteinů. - školitel DP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2017)
  • Bc. Diana Bartáková (PřF MU) - téma DP: Nové elektrochemické přístupy v molekulární onkologii. - školitel DP: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Bc. David Dzurický (PřF MU) – téma DP: Studium chaperonových komplexů v nádorových buňkách. - školitel DP: MUDr. Petr Müller, Ph.D. (obhájeno 2017)
  • Bc. Veronika Martinková (PřF UPOl) - téma DP: Úloha heat-shock proteinu 70 v maligní transformaci a možnosti jeho inhibice. - školitel DP: MUDr. Petr Müller, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Bc. Radka Černochová (PřF MU) - téma DP: Vliv deltaNp63alfa na vnitrobuněčný transport proteinů u buněk karcinomu prsu. - školitel: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Bc. Ludmila Jiráková (PřF MU) – téma DP: Příprava a charakterizace buněčných linií kolorektálního karcinomu se sníženou hladinou proteinu AGR2. - školitel DP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2017)
  • Bc. Kateřina Ceralová (PřF MU) - téma DP: Charakterizace populace buněk s vysokou hladinou proteinu p63 v buněčných liniích odvozených od karcinomu prsu. - školitel DP: Mgr. Marta Nekulová, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Bc. Helena Ďuríková (PřF MU) - téma DP: Vývoj a otestování jednoduchého rychlého testu vhodného pro detekci HPV virů. - školitel DP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Bc. Hedvika Fraňková (PřF MU) - téma DP: Studium molekulárních mechanismů zodpovědných za karcinogenezi děložního hrdla. - školitel DP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Bc. Ladislava Bačíková (VŠ zdravotníctva a sociálnej práce Sv. Alzbety, SK) - téma DP: Algoritmy flowcytometrických vyšetření v hematologii a imunologii. - školitel DP: RNDr. Lenka Zdražilová Dubská, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Bc. Edita Zemanová (VŠ zdravotníctva a sociálnej práce  Sv. Alzbety, SK) - téma DP: Implementace farmakogenetického a farmakokinetického vyšetření k predikci toxicity spojené s podáním fluoropirimidinů do klinické praxe. - školitel DP: Mgr. Martina Mrkvicová, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Bc. Světlana Lučanová (PřF MU) - téma DP: Studium strukturních změn proteinů metodou H/D exchange spojenés hmotnostní spektrometrií a limitované proteolýzy. - školitel DP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Bc. Jana Matějíková (PřF MU) – téma DP: Bioelektroanalýza mikroRNA a DNA metylace a její aplikace v diagnostice nádorových onemocnění. - školitel DP: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D. (ukončeno bez obhajoby)
  • Bc. Karolína Zoufalová (PřF MU) - téma DP: Analýza prometastatických signálních drah u nádorů prsu. - školitel DP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Bc. Petra Kovaříková (PřF MU) - téma DP: Karboxypeptidáza B1 a jeji úloha v nádorové biologii. - školitel DP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2015)
  • Bc. Michal Řiháček (PřF MU) – téma DP: Optimalizace a validace stanovení standardních hodnot homocysteinu, methotrexátu a folátu v mozkomíšním moku u onkologicky nemocných dětí, jako biomarkeru terapeutického efektu a toxicity methotrexátu podávaného systémově a intrathekálně. - školitel DP: doc. MUDr. Dalibor Valík, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Bc. Josef Maryáš (PřF MU) - téma DP: Funkční charakterizace prometastatických proteinů u karcinomů prsu. - školitel DP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Bc. Dominika Černá (Fa chem-tech, Univerzita Pardubice) - téma DP: Využití H/D výměny ke studiu strukturních změn proteinového komplexu TOMM34 a Hsp70/90. - školitel DP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Bc. Lucia Sommerová (PřF MU) - téma DP: Úloha proteinu AGR2 při epiteliálně-mezenchymální tranzici. - školitel DP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2014)
  • Bc. Tereza Frostová (PřF MU) - téma DP: SELDI-TOF MS profilovaní patogenních bakterií se zaměřením na Enterobacteriaceae. - školitel DP: RNDr. Lenka Dubská, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Bc. Květa Pilařová (PřF MU) - téma DP: Studium úlohy proteinu AGR2 u buněčných linií odvozených od karcinomu slinivky břišní. - školitel DP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Bc. Vendula Pernikářová (PřF MU) - téma DP: Studium buněčného stresu u bakterií pomoci moderních metod kvantitativní proteomiky. - školitel DP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Bc. Iveta Hynštová (PřF MU) - téma DP: Studium mechanismů vedoucích k senescenci nádorové buňky: Úloha a funkce rodiny anterior gradient proteinů. - školitel DP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Bc. Tereza Nehybová (PřF MU) - téma DP: Analýza protinádorových účinků wedelolaktonu. - školitel DP: Mgr. Petr Beneš, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Bc. Gabriea Pavlasová  (PřF MU) - téma DP: Účinky metotrexátu na linie derivované ze solidních nádorů dětského věku. - školitel DP: RNDr. Jakub Neradil, Ph.D. (obhájeno 2013)
  • Bc. Pavlína Holešínská (PřF MU) - téma DP: Transmembránové proteiny jako potenciální diagnostické a terapeutické cíle v onkologii. - školitel DP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (Obhájeno 2012)
  • Bc. Zuzana Volejníková (FChT UPCE) - téma DP: Funkční vlastnosti krevních destiček u onkologických pacientů. - školitel DP: RNDr. Lenka Dubská, Ph.D. (obhájeno 2012)
  • Bc. Jakub Faktor (PřF MU) - téma DP: Nové kvantitativní proteomické přístupy v onkologickém výzkumu. - školitel DP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2012)
  • Bc. Dominika Váňová (PřF MU) - téma DP: Proteinové markery metastatického potenciálu u karcinomu prsu a jejich exprese v závislosti na klinickopatologických charakteristikách. - školitel DP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2011)

 

  • Mgr. Johana Strmisková (PřF MU) – téma DisP: Aplikace nádorových biomarkerů v diagnostice gynekologických prekanceróz. – školitel DisP: MUDr. Milan Anton, CSc., Odborný konzultant: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D. 
  • Mgr. Renata Bartošová (LF MU) – téma DisP: Nádorové mikroprostředí, imunitní dozor a karcinogeneze. – školitel DisP: doc. MUDr. Tomáš Kazda, Ph.D. 
  • Mgr. Šárka Ševčíková (PřF MU) – téma DisP: Bioelektrochemie v molekulární onkologii. – školitel DisP: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D.
  • Mgr. Aneta Fajstlová (PřF MU) – téma DisP: Vývoj bioelektrochemických metod pro detekci nádorových biomarkerů. – školitel DisP: Mgr. Ludmila Moráňová, Ph.D.
  • Mgr. Tereza Šošolíková (PřF MU) – téma DisP: Studium interakcí AGR2 a dalších protein disulfid izomeráz v nádorových buňkách. – školitel DisP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.
  • Mgr. Kateřina Ondrášková (PřF MU) – téma DisP: Nádorová biologie. – školitel DisP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (ukončeno)
  • Naina Verma, M.Sc. (PřF MU) – téma DisP: Porovnání konformačních změn spojených s holo- a apo- formou trombolytik. – školitel DisP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.
  • Federico Di Modugno (LF MU) téma DisP: AGR2 pro-oncogenic gains of functions associated with its non-canonical localizations: a role in cholangiocarcinoma development. - školitel DisP v ČR: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (student pod dvojím vedením)
  • Ing. Kristína Bednárová (PřF MU) – téma DisP: Mechanismy aktivace transkripčního faktoru HSF1 v nádorové buňce. – školitel DisP: MUDr. Petr Müller, Ph.D.
  • Mgr. Barbora Vavrušáková (LF MU) - téma DisP: Vliv stresu ER na imunitní dohled v kancerogenezi. - školitel DisP: prof. MUDr. Marek Svoboda, Ph.D.
  • Mgr. Miroslav Bardelčík (PřF MU) – téma DisP: Molekulární mechanismy regulace stresové odpovědi. – školitel DisP: MUDr. Petr Müller, Ph.D.
  • Mgr. Martina Kučeríková (PřF MU) – téma DisP: Mechanizmy nemutační inaktivace proteinu p53 v lidských nádorech. – školitel DisP: Mgr. Lucia Martinková, Ph.D.
  • Ravery Jovinary Sebuyoya, MSc. (PřF MU) – téma DisP: Bioelektrochemie v molekulární onkologii. – školitel DisP: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Mgr. Andrea Martišová (PřF MU) – téma DisP: Úloha RNA-protein interakcí při regulaci fundamentálních procesů v nádorové buňce. - školitel DisP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2024)
  • Mgr. Adam Paulin Urminský (PřF MU) – téma DisP: Identifikace a kvantifikace N-glykoproteinů v sérech a tkáních pacientů s onkologickým onemocněním. – školitel DisP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.
  • Mgr. Nela Friedlová (PřF MU) - téma DisP: Funkce transmembránových proteinů indukovaných interferonem v nádorových buňkách. – školitel DisP: Mgr. Marta Nekulová, Ph.D.
  • Mgr. Václav Hrabal (PřF MU) - téma DisP: Studium interakcí proteinové rodiny p53 v normálních a nádorových buňkách. – školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.
  • Ashita Singh, M.Sc. (PřF MU) – téma DisP: Role of lithocholic acid-induced cell signalling in oesophageal cancer progression model. – školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2023)
  • Mgr. Oliver Šimončík (PřF MU) – téma DisP: Regulace genové exprese během proteotoxického stresu. – školitel DisP: MUDr. Petr Müller, Ph.D.
  • Mgr. Radovan Krejčíř (PřF MU) – téma DisP: Studium molekulárních a funkčních mechanismů derivátů pentametiniových solí. – školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2022)
  • Mgr. Petr Voňka (PřF UPOl) - téma DisP: Studium molekulárních mechanismů účinku vybraných steroidů v nádorových buňkách. - školitel DisP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2023)
  • Mgr. Ludmila Moráňová (PřF MU) - téma DisP: Vývoj bioelektrochemických metod pro in vitro diagnostiku nádorových onemocnění. - školitel DisP: Mgr. Martin Bartošík, Ph.D. (obhájeno 2022)
  • Mgr. Lukáš Uhrík (PřF MU) – téma DisP: Proteomická analýza molekulárních podtypů meduloblastomu: odhalení klinicky významných markerů. - školitel DisP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2022)
  • Mgr. Lenka Dosedělová (PřF MU) - téma DisP: Identifikace nových sekrečních drah řídících metastazování lidských nádorů. - školitel DisP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (ukončeno)
  • Mgr. Veronika Martinková (PřF MU) - téma DisP: Analýza proteotoxického stresu u nádorových buněk. - školitel DisP: MUDr. Petr Müller, Ph.D. (přerušeno)
  • Mgr. Michaela Štencková (PřF MU) - téma DisP: Signalizace p63 v nádorech. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.(obhájeno 2022)
  • Mgr. Hana Skoupilová (PřF MU) - téma DisP: Stres endoplasmatického retikula a jeho úloha v nádorové buňce. - školitel DisP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2021)
  • MUDr. Beatrix Bencsiková (LF MU) - téma DisP: Angiogeneze u zhoubných nádorů: stanovení prediktivních markerů u pacientů s kolorektálním karcinomem. - školitel DisP: prof. MUDr. Rostislav Vyzula, CSc. (obhájeno 2016)
  • Mgr. Lucia Sommerová (PřF MU) - téma DisP: Úloha proteinů rodiny Anterior gradient v procesech EMT. - školitel DisP: doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • MUDr. Radka Obermannová - (LF MU) - téma DisP: Význam suplementace vitamínu D a vliv hladin metabolitu 25-OHD na dobu do progrese v rámci I. linie léčby metastatického karcinomu prsu, prostaty a kolorektálního karcinomu. - školitel DisP: doc. MUDr. Dalibor Valík, Ph.D. (obhájeno 2017)
  • MUDr. Paval Krupa (LF MU) - téma DisP: Hypofrakcionace radioterapie u karcinomu prostaty. školitel DisP: prof. MUDr. Pavel Šlampa, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Mgr. Josef Maryáš (PřF MU) - téma DisP: Molekulární interakce v metastazování nádorů a jejich studium s využitím funkční proteomiky - školitel DisP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (ukončeno)
  • Mgr. Dominika Coufalová (PřF MU) - téma DisP: Využití hmotnostní spektrometrie ke studiu strukturních změn onkoproteinů. - školitel DisP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2020)
  • MUDr. Ján Podhorec (LF MU) - téma DisP: Úloha proteinu AGR2 a jeho regulace ve vztahu k zánětlivým procesům. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (ukončeno)
  • Mgr. Adam Krejčí (PřF MU) - téma DisP: Využití globální analýzy peptidových knihoven k hledání nových biomarkerů a protinádorových léčiv. - školitel DisP: MUDr. Petr Müller, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Mgr. Martina Zahradníková (PřF MU) - téma DisP: Studium exprese glykoproteinů na povrchu nádorové buňky. - školitel DisP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (ukončeno)
  • Mgr. Veronika Brychtová (LF MU) - téma DisP: Analýza role proteinů AGR2 a AGR3 v nádorové buňce a stanovení jejich exprese ve vybraných nádorových tkáních. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2014)
  • Mgr. Lucie Kafková (LF MU) - téma DisP: Nádorové multiplicity - etiopatogeneze, diferenciální diagnostika a léčba. - školitel DisP: prof. MUDr. Rostislav Vyzula, CSc. (obhájeno 2016)
  • Mgr. Filip Trčka (PřF MU) - téma DisP: Význam chaperonového systému pro nádorovou transformaci buňky. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2015)
  • Mgr. Eva Růčková (PřF MU) - téma DisP: Úloha stresových proteinů při stabilizaci a degradaci proteinu p53 a jeho izoforem. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2014)
  • Mgr. Marta Nekulová (PřF MU) - téma DisP: Úloha izoforem proteinu p63 v přeměně nádorové buňky. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2014)
  • Mgr. Eva Matoulková (PřF MU) - téma DisP: Úloha exprese proteinů AGR2 a AGR3 v nádorové buňce jako odpověď na stres. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2017)
  • Mgr. Monika Dvořáková (PřF MU) - téma DisP: Molekulární mechanismy metastazování: Integrované přístupy na bázi genomiky a proteomiky. - školitel DisP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Mgr. Iva Procházková (PřF MU) - téma DisP: Studium molekulárních regulačních mechanismů pomocí proteomických technik. - školitel DisP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2019)
  • Mgr. Michal Ďurech (PřF MU) - téma DisP: Využití inhibice proteinů chaperonového systému pro terapii nádorových onemocnění. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2016)
  • MUDr. Pavlína Vrtělová (LF MU) - téma DisP: Nežádoucí následky chirurgických výkonů na mízních uzlinách u pacientek s karcinomem prsu. - školitel DisP: doc. MUDr. Oldřich Coufal, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Mgr. Kateřina Pilátová (LF MU) - téma DisP: Využití proteomiky při studiu nádorové angiogeneze. - školitel DisP: doc. MUDr. Dalibor Valík, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Joanna Obacz, MSc. (PřF MU) - téma DisP: Studium funkce proteinu AGR3 a mechanismů zodpovědných za regulaci jeho exprese v nádorové buňce. - školitel DisP: Mgr. Roman Hrstka, Ph.D. (obhájeno 2016)
  • Paulina Orzol, MSc. (PřF MU) - téma DisP: Protein p63 a jeho příspěvek k fenotypu kmenové nádorové buňky. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2016)
  • Mgr. Mariana Pjechová (PřF MU) - téma DisP: Analýza nových imunomodulačních funkcí lidského cytomegaloviru (HCMV) a jejich vlivu na patogenezi proteomickými metodami a fágovým displayem. - školitel DisP: RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc. (obhájeno 2020)
  • Mgr. Jakub Faktor (MU PřF) – téma DisP: Cílená proteomika - nový přístup ke kvantifikaci proteinů v nádorové biologii - školitel DisP: Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (obhájeno 2018)
  • Mgr. Michal Dřevínek (Univ Obrany, Fa Voj Zdrav) - téma DisP: Vužití hmotnostně spektrometrických metod k tvorbě databáze biologických agens kompatibilní s evropským datovým systémem. - školitel DisP: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. (obhájeno 2012)

6Software

Nástroje bioinformatiky vyvinuté v RECAMO

Adam Krejčí (RECAMO, Masarykův onkologický ústav, 2016)

Hammock is a tool for peptide sequence clustering. It is able to cluster extremely large amounts of short peptide sequences into groups sharing sequence motifs. Typical Hammock applications are NGS-based experiments using large combinatorial peptide libraries, e.g. Phage display.

Filip Zavadil-Kokáš (RECAMO, Masarykův onkologický ústav, 2018)

TransPEM (Software for Translation sequence into peptide based on mutation information) is a novel bioinformatics tool which was developed for providing mutated and wild type sequences based on bioinformatics analysis of single nucleotide polymorphisms. Protein sequences can serve as an input for proteomics analysis. This software provides fast and reliable extracting of coding sequences (CDS) from genome and their translation into proteins with respect to the information about mutations. It is suitable for any number of sequences and as an user-friendly software requires only the basic knowledge of a Linux operating system.

Iveta Selingerová, Marie Langrová (RECAMO)

Kernhaz je balíček vytvořený pro statistické výpočetní prostředí R, dostupný z oficiálního repozitáře CRAN. Tento balíček implementuje odhady rizikové funkce pro pravostranně cenzorovaná data. Tyto odhady jsou hladké funkce vytvořené pomocí jádrového vyhlazování. Riziko sledované události (úmrtí, relapsu,…) je odhadnuto v závislosti na čase, případně v závislosti na další sledované proměnné (věku, velikosti tumoru,…). Součástí balíčku jsou také dvě metody pro výběr vyhlazovacích parametrů.

Další infomace a soubory ke stažení najdete ZDE.

Iveta Selingerová (RECAMO, Ústav matematiky a statistiky, PřF MU)

Kernhaz for MATLAB je balíček M-funkcí vytvořený jako alternativa R balíčku kernhaz pro uživatele MATLABu. Tento balíček implementuje odhady rizikové funkce pro pravostranně cenzorovaná data. Tyto odhady jsou hladké funkce vytvořené pomocí jádrového vyhlazování. Riziko sledované události (úmrtí, relapsu,…) je odhadnuto v závislosti na čase, případně v závislosti na další sledované proměnné (věku, velikosti tumoru,…). Součástí balíčku jsou také dvě metody pro výběr vyhlazovacích parametrů.

Iveta Selingerová, Kateřina Pilátová, Michal Řiháček, Martina Mrkvicová, Lenka Zdražilová Dubská

Balíček výpočetních nástrojů vytvořených v prostředí MS Excel s využitím VBA. Nástroje jsou vytvořeny v souladu s doporučeními odborných společností (Česká společnost klinické biochemie, Česká hematologická společnost, SEKK) a mohou sloužit jako formuláře pro vyhodnocení nejistot či porovnatelnosti výsledků měření v klinických laboratořích. Součástí sady je také podrobný návod na vyplnění a ukázkové příklady použití. Nástroj pro hodnocení porovnatelnosti výsledků měření je zahrnut ve dvou variantách – pro 20 a 50 měřených hodnot.

Filip Zavadil Kokáš (RECAMO, Masarykův onkologický ústav, 2024)

PhAL (Phage Display Alignment software) is a novel bioinformatics tool which was developed for alignment of short sequences from phage display on the reference sequence of the protein which is intended as an target for antibody which is being investigated. Software uses algorithm of local alignment and provides template-based analysis of the phage display for antibodies. A text file containing short nucleotide sequences serves as input for the software. 

The nucleotide sequences are subsequently converted to peptide sequences and subsequently analyzed using local alignment to a reference protein sequence. The output is a text file with the protein sequence and the number of reads aligned for each amino acid. The maximum values ​​determine the antibody binding site.

7Publikace

8Projekt NÚVR

 

Informace o projektu:

Národní ústav pro výzkum rakoviny (NÚVR) 

 

Registrační člslo:   LX22NPO5102

Období realizace:  01.06.2022 - 31.12.2025

 

Poskytovatel:         Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

                                  Program EXCELES

 

Rozpočet:               141 482 000 Kč

Partneři:                  Univerzita Karlova, 

                                  Masarykova univerzita

                                  Univerzita Palackého v Olomouci

                                  Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.

                                  Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

                                  Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i. 

                                  Ústav fotoniky a elektroniky AV ČR, v. v. i.

                                  Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. 

                                  Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.

                                  Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

                                  

Více o projektu viz https://www.nuvr.cz/

 

logolink NPO Exceles

Co vás může zajímat dál?

Preventivní poradna

Bezplatná nádorová telefonní linka

Po–Pá od 8:00 do 15:00 hodin

(+420)800 222 322

Loading...