Ačkoliv za zakladatele MOÚ bývá označován chirurg Jaroslav Bakeš, ke zřízení ústavu přispěla ve velké míře i jeho matka Lucie Bakešová. Plán výstavby ústavu pro chronicky a nevyléčitelně nemocné, zvlášť rakovinou, se začal rodit na půdě Bakešovy chirurgické nemocnice od roku 1928. Bylo tomu krátce poté, co Bakešová publikovala v Lidových novinách článek s ideou zřídit v Brně Dům míru a útěchy.

Založení Spolku Dům útěchy

Bakešová si uvědomovala, že pro takovou stavbu musí získat vlivné osobnosti, a proto oslovila několik známých profesorů Lékařské fakulty Masarykovy univerzity (tehdejší Univerzita J. E. Purkyně). Jejich nadšení ji povzbudilo natolik, že od nich očekávala účinnou spolupráci. Sama se odvážně pustila do organizačních prací aktivním vytvořením přípravného výboru pro ustavení Spolku Dům útěchy, který by řídil veškeré potřebné záležitosti a práce s přípravou nestátní stavby. Žádný takový spolek dosud v republice nebyl. Na první schůzi výboru pozvala i svého syna. Bakeš na schůzi překvapil profesory i svou vlastní matku, když představil detailně propracovaný koncept, který byl však značně odlišný od původního plánu výstavby sociálního ústavu. Jeho vizí bylo vystavět protirakovinný léčebný a výzkumný ústav. Návrh zdůvodňoval přesvědčením, že „rakovina vyžaduje metody složité, většinou zásahy chirurgické s následným radiovým ošetřením, což ovšem předpokládá nejen dobře školený personál a speciální pomůcky a zařízení, ale také k tomu speciální ústav“.

Právě Bakešův záměr ústavu současně výzkumného a přesvědčení Bakešové, že to musí být nestátní, spolkový ústav, vyvolaly brzy rostoucí nevoli u některých profesorů brněnské lékařské fakulty, která nakonec vedla až k úplnému zákazu spolupodílet se na tomto grandiózním projektu. Příčinou trvalé nespolupráce lékařské fakulty s rodícím se léčebně-výzkumným ústavem byly jednak hluboké osobní neshody Bakeše s profesorem Petřivalským, přednostou chirurgické kliniky Lékařské fakulty Masarykovy univerzity, i to, že se lékařská fakulta nechtěla smířit s představou, že nebude mít v ústavu rozhodující vliv ani na léčbu, ani na výzkum.

Získání podpory prezidenta Masaryka a zahájení provozu

Bakešovi se podařilo po složitých dohadech myšlenku vzniku ústavu obhájit. Rostla podpora od odborné i laické veřejnosti. Dokazují to také první finanční dary. Velký podíl měla právě Lucie Bakešová, která jednak do iniciativy zapojila ženský spolek Živy, později Dům útěchy, ale dokázala také zaktivizovat brněnské a moravské obyvatelstvo. Vrcholem její úctyhodné aktivity byla prosba o pomoc Alici Masarykovou, jejíž iniciativou a také pomocí kancléře Šámala, se myšlenka zrodu ústavu pro léčbu rakoviny dostala až k samotnému prezidentu Masarykovi. Bakešová si postupně získala prezidentovu podporu, dostala i souhlas k pojmenování ústavu jeho jménem, a při osobním setkání při příležitosti jeho narozenin v Židlochovicích se jí i jejímu synovi dostalo osobního příslibu finanční podpory z Jubilejního fondu. Vzniku Masarykovy léčebny – Domu útěchy už nic nebránilo. Stala se prvním protirakovinovým ústavem v Československu. Projekt vypracovali profesoři České vysoké školy technické Vladimír Fischer a Bedřich Rozehnal. Provoz byl zahájen v lednu 1935, bohužel už po smrti Bakeše i jeho matky. Bakeš měl velkou oporu ve svém kolegovi i nástupci na primariátu v chirurgické nemocnici na Žlutém kopci MUDr. Antonínu Novotném. Ten dokázal obhájit jeho pojetí moderního výzkumného a léčebného ústavu prakticky proti všem odpůrcům a vystavět ústav v bezprostřední blízkosti Bakešovy nemocnice se společným hospodářským zázemím. Ústav však od počátku fungoval samostatně. Původní Bakešův záměr se realizoval až s převzetím budovy chirurgické nemocnice Masarykovým onklogickým ústavem v roce 2006.

Ústav byl až do poloviny padesátých let převážně radioléčebným institutem. Brzy na to však vznikl další koncept, který v komplexním pojetí klinické onkologie do významné pozice postavil diagnostiku. Vzniklo nové rentgenologické oddělení, které bylo vybaveno dvěma diagnostickými přístroji.

60.  léta a počátky moderní chemoterapie a imunoterapie

V terapeutické oblasti se kromě radioterapie a chirurgie začala prosazovat také moderní chemoterapie. Projevily se snahy o zavedení další léčebné modality v podobě tehdy významně propagované imunoterapie. K experimentální praxi se imunoterapie začala v ústavu využívat v polovině šedesátých let. Ve stejné době v ústavu vznikají samostatná oddělení, chemoterapeutické a interní, na nichž později dochází k polarizaci úhlu pohledu na problematiku solidních nádorů a na léčbu hemoblastů a hemoblastóz. Značně se rozšířila onkologická operativa a vzniklo samostatné chirurgické oddělení, již zcela nezávislé na radioterapii. Zvláštním postavení měla na počátku terapie gynekologických malignit. Samostatné oddělení gynekologie vzniklo, stejně jako chirurgie, až na přelomu padesátých a šedesátých let. Na konci šedesátých let vzniklo také oddělení nukleární medicíny.

Prosazení interdisiplinárního přístupu

V léčebné strategii se od šedesátých let začíná praktikovat vyžadovaný interdisciplinární přístup. Vznikly melanomové a mamární komise. Problematika melanomů a jiných kožních nádorů byla, a nadále je, společně řešena s dermatologickou klinikou a klinikou plastické chirurgie. Postupně se spolupráce rozšířila i do oblasti nádorů plic, a to s klinikou respiračních nemocí. Problematika nádorů centrální nervové soustavy je propojena s neurologickou klinikou. Komisionálně se přistupovalo i k léčbě lymfomů, testikulárních nádorů a dalších urologických malignit. V rámci komplexní onkologické léčby vzniklo na ortopedické klinice FN u sv. Anny a onkologickém ústavu společné středisko pro léčbu nádorů kostí a měkkých tkání. Těsná spolupráce v léčbě nádorů byla navázána i s klinikou respiračních nemocí a neurologickou klinikou.

Propojení klinické a výzkumné praxe

Nová koncepce onkologické péče, tradice a organické skloubení klinické a výzkumné části v jednom zařízení umožnily, že byl koncem roku 1975 potvrzen vznik Výzkumného ústavu klinické a experimentální onkologie v Brně (VÚKEO). Jeho koncepce byla postavena na základě předchozího „Onkologického ústavu“. Jako resortní výzkumný ústav byl VÚKEO organizačně přičleněn k vědecko-výzkumné základně Ministerstva zdravotnictví České republiky.

Přístavba pro betatron

Ústav se ve svých prvních letech existence specializoval především na radioléčbu. Vzniklo nové Oddělení nukleární medicíny a scintigrafie. Provoz nukleární medicíny byl vázán na těžké kobaltové zářiče, které vyžadovaly dostatek prostoru. V roce 1968 se proto přistoupilo k prvním stavebním úpravám nemocnice. K levé části budovy se přistavěly prostory vyhovující novému Oddělení radioterapie, jsou charakteristické kopulí pro ozařovny s betatronovým zářičem. Betatron na Žlutém kopci byl prvním v České republice, vážil 22 tun a hlavice, která se pohybovala nad hlavou pacientů, měla více než 6 tun. Do provozu byl slavnostně zařazen v roce 1972.

Nový pavilon pro Oddělení onkologické patologie a Oddělení radioterapie

Druhou významnou stavební úpravou byla výstavba nového pavilonu pro Oddělení onkologické patologie a Oddělení radioterapie v roce 1986. Zasloužil se o ni ve velké míře tehdejší ředitel profesor Jaroslav Švejda, který se profesně věnoval právě patologii. Pavilon byl postaven v dolní části areálu, má označení „f“ a dnes se jmenuje Morávkův pavilon. Označení nese po prvním řediteli výzkumných laboratoří profesoru Vladimíru Morávkovi.

Švejdův pavilon

V roce 1990 se rozhodlo o výstavbě zcela nového pavilonu na volném pozemku naproti původní budově ústavu. Stará budova už nezvládala vzrůstající nápor pacientů, jimž musela být věnována komplexní péče včetně rehabilitace. Znamenalo to potřebu dalších prostorů, ale i dalších zaměstnanců, kteří potřebovali místo, kde by pracovali. Stavba byla zahájena v roce 1991, dokončena pak o tři roky později. Do pavilonu byly umístěny ambulance a Oddělení radiodiagnostiky, včetně rehabilitačního traktu s bazénem. S původní budovou se nový pavilon propojil proskleným spojovacím koridorem. Jméno nese po profesoru Švejdovi.

Lineární urychlovač II.

V návaznosti na Švejdům pavilon byl vybudován další objekt, konkrétně zázemí pro novou ozařovnu s moderním lineárním urychlovačem II., sloužící pro potřeby radioterapie. Stavební úpravy byly dokončeny v roce 1995.

Rekonstrukce Oddělení nukleární medicíny a radiologie

Dostavba z let 1968–1972, tedy Oddělení nukleární medicíny a část radiologie, po třiceti letech potřebovala rekonstrukci. Dosavadní stav již nevyhovoval potřebám nové diagnostické techniky a novým radiodiagnostickým léčebným metodám. A tak se opět během následujících let, konkrétně v letech 1996–1998 na půdě MOÚ opravovalo a rozšiřovalo.

Rekonstrukce Masarykova pavilonu

Další stavební akce zasáhly kliniky komplexní onkologické péče, Oddělení chirurgické onkologie a Oddělení gynekologické onkologie ve staré budově, tedy v Masarykově pavilonu. Jednalo se především o modernizaci jednotlivých oddělení a pořizování moderních léčebně-diagnostických přístrojů a zařízení. Úpravy se dotkly také Oddělení nukleární medicíny, v níž byla zavedena moderní diagnostická metoda pozitronovou emisní tomografií (PET). Na tomto pracovišti byl jako druhý v republice instalován PET scener. Rekonstrukce byly dokončeny v roce 2004. A o dva roky později byl do provozu začleněn také nově vybudovaný bunkr pro lineární urychlovač III.

Budova PET centra Oddělení nukleární medicíny

Metoda Pozitronové emisní topografie (PET) praktikovaná v ústavu od roku 2003 pro svůj provoz potřebuje radiofarmaka, pro něž se z počátku muselo jezdit dvakrát denně do pražského PET Centra. Vzhledem ke komplikované a nepraktické koordinaci vybudoval ústav jaderného výzkumu v areálu MOÚ novou budovu, do níž se v roce 2007 přestěhovalo PET centrum společně s Oddělením nukleární medicíny.

Wernerův pavilon

Další nová budova, Wernerův pavilon, byla postavena pro chirurgickou léčbu nádorových onemocnění, intenzivní onkologii a pro Oddělení onkologické patologie. Má čtyři operační sály, centrální sterilizaci, Anesteziologicko-resuscitační oddělení a jednotku intenzivní péče. Sídlí zde také Oddělení onkologické patologie. Náročné onkologicko-chirurgické léčebné postupy vyžadovaly vhodné prostorové a přístrojové vybavení. Pavilon je pojmenován pro prvním řediteli a primáři klinické části MOÚ Richardu Wernerovi. Výstavba byla dokončena v roce 2010.

Morávkův pavilon – ReCAMO

Regionální centrum aplikované molekulární onkologie (ReCAMO) vzniklo v Morávkově pavilonu. Avšak původní výzkumné laboratoře již nebyly pro nároky základního ani klinického výzkumu dostačující, prostory proto byly významně zrekonstruovány. Úpravy byly dokončeny v roce 2012. ReCAMO slouží spolupracujícím vědcům a výzkumníkům k plnění výzkumného programu, tedy vytvářet databázi prognóz, odpovědí a rezistencí pacientů MOÚ na léčbu. V návaznosti na ReCAMO vzniklo také výukové centrum – Education/Learning Unit MOÚ. Prostory získalo přestavbou terasy Švejdova pavilonu a je propojeno se studovnou, dále zde jsou přednáškové místnosti. Stavební práce skončily v prosinci 2014.

Ozařovny pro lineární urychlovač IV a V

Další ozařovny pro lineární urychlovače byly vybudovány v roce 2016. Všechny lineární urychlovače MOÚ jsou v současné době umístěny v Masarykově pavilonu. Fungují v rámci Centra fotonové terapie.  

Bakešův Pavilon

V současné době posledním stavebním zásahem na půdě MOÚ byla přestavba Bakešova pavilonu. Budovu bývalé Bakešovy nemocnice se podařilo k ústavu přičlenit až v roce 2006 formou pronájmu, od roku 2007 je pak budova ve vlastnictví MOÚ. Jméno nese pavilon nadále po zakladateli ústavu a řediteli nemocnice Jaroslavu Bakešovi. Pavilon disponuje 2 novými operačními sály, novými lůžkovými odděleními i novými ambulantními prostory.